Na Rodos znajdowała się główna siedziba zakonu aż do 1522 roku.
Szacuje się, że liczba zakonników oscylowała między 250 a 450 osób. Stawiali oni ogromne kamienne fortyfikacje by bronić pałacu jak najmniejszą siłą ludzką.
Rodos potrzebowało funduszy na import żywności. Przypływały tu statki z pielgrzymami, piratami, handlowcami, co bardzo nakręcało gospodarkę. Ludność dostarczać musiała artykuły żywnościowe. Duża ilość lasów dawała drewno potrzebne do budowy statków. A wysokie podatki dopełniały kieszenie zakonu.
Gdy w XIV w. nastąpił upadek zakonu templariuszy, joannici dostali od papieża ogromny spadek ziemski.
Gdy w 1517 r. Turcy Osmańscy podbili Egipt, wyspa Rodos stała się dla nich nie lada kąskiem. Leżała bowiem na szlaku komunikacyjnym między Turcją a Afryką.
W 1522 roku Turcy rozpoczęli wielomiesięczne oblężenie. Ciągłe ostrzeliwania mocno zniszczyły mury, kończyła się amunicja, a zmęczona ludność domagała się kapitulacji zakonu.
18 grudnia 1522 roku wielki mistrz poddał miasto. Dwa tygodnie później opuszczał wyspę, razem z kawalerami rodyjskimi. Odpłynął na własnych okrętach i całym dobytkiem, który dał radę załadować na pokład.
Hiszpański król i cesarz, Karol V podarował zakonowi wyspę Maltę. Choć bracia najpierw nie byli zadowoleni, gdyż wyspa jest mała i nieurodzajna, nie mając wielkiego wyboru, osiedlili się tam, przekształcając się jednocześnie w Kawalerów Maltańskich.
Zakon Joannitów - bractwo szpitalne
W pierwszej połowie XI w. kupcy z Włoch założyli w Jerozolimie klasztor pod wezwaniem Matki Boskiej Łacińskiej. Intencja była bardzo wzniosła, gdyż bractwo utworzyło szpital i hospicjum dla pielgrzymów i kupców z Europy. Założenie było takie, by nieść bezinteresowną pomoc potrzebującym.
Brat Gerard, który jako pierwszy został Wielkim Mistrzem, czyli stanął na czele zakonu, w okresie pierwszej krucjaty, przekształcił bractwo w nową organizację religijną, wprowadził nowe zadania i zasady życia.
Bractwo przyjęło nazwę Szpitala św. Jana Chrzciciela.
Bliska współpraca z pierwszymi władcami Jerozolimy, papiestwem i feudalnym rycerstwem, szybko zaczęła przynosić korzyści materialne. Ziemskie posiadłości i łupy wojenne systematycznie się powiększały.
Na początku XII w. bractwo szpitalników przekształciło się w zakon rycerski. Obok ślubów zakonnych, rycerze składali przysięgę ciągłej walki z niewiernymi.
Papież, który otrzymywał bogate dary od zakonu, czuł zobowiązanie i nie wnikał w poczynania bractwa.
Zakon joannitów zaczął przypominać zakon templariuszy. Na czele stał Wielki Mistrz, zawsze człowiek wywodzący się ze szlachetnej rodziny i z prawego łoża.
Zakon joannitów różnił się od zakonu krzyżackiego tym, że należeć tu mogli rycerze różnych narodowości. Bracia mówili różnymi językami, często nie rozumiejąc się nawzajem. Podzielono rycerzy na prowincje, zwane "językami"; Prowansji, Owernii, Francji, Włoch, Aragonii, Niemiec, Anglii, Kastylii i Portugalii.
W 1180 r. joannici mieli 25 zamków w Syrii i Palestynie. Każdy z ogromnymi majątkami i posiadłościami ziemskimi.
Ludność z terenów podbitych stawała się niewolnikami. Statut zakonny zabraniał ich chrzcić bez specjalnej zgody wielkiego mistrza. Co więcej, w 1262 r. ustanowiono, że mieszkaniec podbitego terenu może uzyskać wolność tylko gdy przekaże na zakon odpowiednią sumę, na tyle wysoką by można było kupić na jego miejsce dwóch lub trzech nowych niewolników.
Walka z muzułmanami przynosiła wyjątkowo wysokie korzyści materialne. Łupem były nie tylko majątki ziemskie, także chłopi, domy, pałace, zakłady (piekarnie, winnice, łaźnie, młyny, kamieniołomy...).
Duże zyski przynosił transport pielgrzymów z Europy do Królestwa Jerozolimskiego.
W 1291 r. joannici przenieśli się na Cypr, do Limassol. Postawili tam silny port wojenny.
Na początku XIII w. wielki mistrz joannitów stwierdził, że zakon nie posiada środków na charytatywne wspieranie chorych.
W 1306 roku genueński pirat zaproponował wielkiemu mistrzowi podbój archipelagu Dodekanezu (wyspy greckie na morzu Egejskim). Najazd rozpoczęto od Rodos. Po trzech latach ciężkiej i wyniszczającej wojnie, zakon joannitów podbił wyspę. I choć oficjalnie powodem podboju było niesienie dobrej nowiny wśród prawosławnych Greków, przyniósł ogromne majątki i niezależność na wyspie.