Hera, podobnie jak większość jej rodzeństwa, została, zaraz po narodzinach, połknięta przez Kronosa, swego ojca. Zeus, jedyny z braci, który dzięki matce uniknął tego losu, wyswobodził braci i siostry, by stworzyć armię potrzebną do przejęcia władzy nad ziemią. W ten sposób, jako dorosła już bogini, wolność odzyskała Hera. Bez pamięci zakochała się w Zeusie - wybawicielu i bracie. W Heraion, na Samos, przez wiele lat spotykali się potajemnie. Tu też pobrali się i spędzili cały miesiąc miodowy. Podobno trwał 300 lat! Niestety, choć młody małżonek szczerze kochał siostrę-żonę, nie umiał oprzeć się wdziękom innych bogiń i śmiertelniczek. Coraz częściej opuszczał wyspę, by po kilku latach powrócić, jakby wyszedł tylko do piekarni po bułki. W Herze narastała złość i żal. Małżeństwo chyliło się ku rozejściu.
Mieszkańcy Samos docenili Herę jako wierną żonę, która walczyła o miłość i mocno sprzeciwiała się zdradom małżeńskim. Postawili jej świątynię której nie dorównał nawet Partenon na Akropolu w Atenach.
Hera była czczona nie tylko przez Greków. Są dowody świadczące, że nawet trzy tysiące lat p.n.e., uważano ją za naturę i boginię płodności. Tłumaczyłoby to wybór miejsca świątyni. Teren jest podmokły, a więc ciężkie bloki kamienne nie utrzymałyby pionu kolumny. Ale miejsce ma inne zalety. Ziemia jest tu urodzajna co świadczy o życiodajnym terenie. Znaleziono tu kości słoniowe, gliniane maki i owoce granatu, które były symbolem płodności. Nie zachowały się żadne dokumenty jednoznacznie świadczące o kulcie Hery. Wszystko co dziś wiadomo to spekulacje i domysły uczonych.
W VIII w. p.n.e. powstała tu świątynia ku czci Hery. Niestety, zarówno ta budowla, jak i dwie następne, zostały zburzone podczas najazdów Persów. Najsłynniejsza i najokazalsza świątynia powstała za czasów panowania Polikratesa. Słynni, w tamtejszych czasach, architekci Rojkos i Teodoros wybudowali świątynię o wymiarach 108 x 55 [m], a ponieważ dodali dodatkowy rząd okalających budowlę kolumn, stworzyli pierwszy na świecie dipteros. Była to największa, w antycznej Grecji, świątynia, czterokrotnie większa od słynnego Partenonu w Atenach!
Niestety burzliwe losy Samos nie pozwoliły nawet dokończyć budowli. Liczne pożary, wojny, trzęsienia ziemi spowodowały, że dziś z całej świetności pozostała połowa jednej kolumny, złożonej z 13, nałożonych na siebie, bębnów.
Heraion to nie sama świątynia ku jej czci. To kompleks wielu budowli, które powstawały w różnym czasie.
Z miasta, do świątyni, prowadziła święta droga, którędy szła procesja w trakcie świąt ku czci Hery. W czasach panowania Imperium Rzymskiego została wybrukowana. Ponieważ cały kompleks jest blisko morza, na obchody świąt, przybywali tu mieszkańcy okolicznych wysp i miejscowości na wyspie.